按照《物权法》的规定，宅基地的使用权人对宅基地享有占有使用的权利。目前并没有规定禁止宅基地使用权人在宅基地上进行经营，并且在办理营业手续、审查营业场所条件时，工商部门仅要求提供房屋的产权手续，而不考虑房屋的登记用途以及房屋所在地的土地性质。对公民个人而言，法无禁止即允许，本着物权效用最大化的原则，我们认为宅基地上的房屋是可以用于经营的。 

至于补偿的问题，这就涉及到我们通常提到的住改非的情形。前面已经提到，宅基地上的房屋是可以合法地用于经营的，对于这类房屋在涉及征收时是应当区别于单纯的住宅房屋的。在具体的补偿方面。通常有几种做法，第一种就是叠加的方式，比如在湖北省襄阳市，他的补偿是按照住宅房屋评估价的基础上，增加41.5%，其中40%是对住改非的补偿，1.5%是对停产停业损失的补偿；还有一种方式整体评估按照比例折算，比如经营满一年以上的房屋按照营业用房进行评估，按照评估价的比例30%对房屋价值进行补偿，经营年限每增加一年再增加2个点，最高不超过营业用房价值的80%。最低不低于住宅房屋价值的1.1倍。

在实践中，若征收部门对合法用于经营的房屋与纯住宅房屋没有差别地补偿，对被征收人而言显然是不公平的，被征收人可以及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。